果汁饮料代加工流程主要有以下步骤：

合作洽谈与协议签订：客户与代加工企业就产品的规格、品质、价格、交货期等细节进行洽谈，达成一致后签订合作协议，明确双方的权利和义务，同时可能还需签订保密协议以保护配方等商业机密。

原料采购：代加工企业根据客户要求或配方，采购新鲜、无病虫害、成熟度适宜的水果原料，以及糖、酸度调节剂、稳定剂等辅料。对采购的原料进行严格的质量检验，包括检查原料的外观、色泽、口感、农药残留、重金属含量等，确保符合食品卫生标准和产品质量要求。

原料处理：将采购的水果进行清洗，去除表面的泥沙、杂质、农药残留等。然后进行选果，剔除腐烂、变质、有病虫害的果实。接着根据水果的种类和产品要求，进行去皮、去核、去籽等处理，再将果实切成小块或粉碎，以便后续榨汁。

榨汁与过滤：使用专业的榨汁设备，如压榨机、打浆机等，将处理好的水果原料榨出果汁。榨汁过程中要注意控制温度和时间，避免果汁氧化和营养成分流失。榨出的果汁通过过滤设备，如振动筛、离心过滤机等，去除其中的果渣、果皮、种子等杂质，得到澄清的果汁。

调配：根据产品的配方要求，在果汁中加入适量的糖、酸度调节剂、稳定剂、香精、色素等辅料，以调整果汁的口感、风味、色泽和稳定性。调配过程中要严格控制各种原料的添加量，确保产品符合质量标准。

杀菌：采用高温瞬时杀菌（UHT）、巴氏杀菌等方法，对调配好的果汁饮料进行杀菌处理，杀灭其中的细菌、霉菌、酵母菌等微生物，延长产品的保质期。杀菌后的果汁应迅速冷却，防止过度受热影响产品品质。

灌装与包装：将杀菌后的果汁饮料灌装到干净的包装容器中，如玻璃瓶、塑料瓶、易拉罐等。灌装过程要保持环境清洁，避免二次污染。灌装后进行封盖、贴标、喷码等包装工序，标注产品的名称、规格、生产日期、保质期、配料表等信息。

质量检验：对包装好的果汁饮料进行全面的质量检验，包括感官指标（色泽、香气、口感、外观）、理化指标（可溶性固形物、酸度、糖分、重金属含量等）和微生物指标（菌落总数、大肠菌群、致病菌等）的检测。只有检验合格的产品才能进入市场销售。

仓储与物流：将检验合格的产品存放在阴凉、干燥、通风的仓库中，按照产品的种类、规格、批次等进行分类存放，便于管理和发货。根据客户的要求，选择合适的物流方式，将产品及时、安全地送达指定地点。